分離的原理是基于離子交換樹脂上可離解的離子與流動相中具有相同電荷的溶質離子之間進行的可逆交換和分析物溶質對交換劑親和力的差別而被分離。
分析型離子色譜儀適用于親水性陰、陽離子的分離。
分析型離子色譜儀將流動相以穩定的流速（或壓力）輸送至分析體系，在色譜柱之前通過進樣器將樣品導入，流動相將樣品帶入色譜柱，在色譜柱中各組分被分離，并依次隨流動相流至檢測器。抑制型離子色譜則在電導檢測器之前增加一個抑制系統，即用另一個高壓輸液泵將再生液輸送到抑制器。在抑制器中，流動相背景電導被降低，然后將流動出物導入電導池，檢測到的信號送至數據處理系統記錄、處理或保存。非抑制型離子色譜儀不用抑制器和輸送再生液的高壓泵，因此儀器結構相對比較簡單，價格也相對比較便宜。
分析型離子色譜儀分類
1、離子色譜分離
離子色譜分離主要是應用離子交換的原理，分析型離子色譜儀采用低交換容量的離子交換樹脂來分離離子，它在離子色譜中應用zui廣泛，其主要填料類型為有機離子交換樹脂。
2、離子對色譜
離子對色譜的固定相為疏水型的中性填料，分析型離子色譜儀用于陰離子分離的對離子是烷基胺類，如氫氧化四丁基銨、氫氧化十六烷基*烷等。用于陽離子分離的對離子是烷基磺酸類，如己烷磺酸鈉、庚烷磺酸鈉等。
3、離子排斥色譜
離子排斥色譜，主要根據Donnon膜排斥效應：電離組分受排斥不被保存，而弱酸則有一定保存的原理制成。離子排斥色譜主要用于分離有機酸以及無機含氧酸根，如硼酸根、碳酸根和硫酸根、有機酸等。
4、離子色譜的應用
無機陰離子的檢測;無機陽離子的檢測和有機陰離子和陽離子分析，主要包括生物胺，有機酸和糖類分析。
